Latvijā ir samērā parasta ligzdotāja un nometniece. Sastopama galvenokārt jauktu koku un skujkoku mežos. Ligzdošanai tā izvēlas skrajākas vietas pie izcirtumiem, laucēm un stigu malām. Dobumus visbiežāk kaļ resnās apsēs vai priedēs, kas atrodas klajuma malā. Labprāt ligzdo arī izcirtumu ekoloģiskajos kokos. Melnajai dzilnai ir liela ekoloģiskā nozīme – tās kaltajos dobumos ligzdo vairākas retas un apdraudētas putnu sugas, kā meža balodis, bikšainais apogs, zaļā vārna.